GMNI adalah organisasi yang bersifat nasional, artinya lingkup wilayah organisasinya meliputi seluruh wilayah negara Republik Indonesia dan keanggotaannya mencakup seluruh mahasiswa yang berkebangsaan Indonesia.
Secara Struktural GMNI tersusun sebagai berikut:
LEMBAGA PIMPINAN
Pada tingkat pusat / nasional dipimpin oleh lembaga PRESIDIUM GMNI
Pada tingkat kota dipimpin oleh lembaga DEWAN PIMPINAN CABANG
Pada tingkat Perguruan Tinggi/Akademi/Fakultas dipimpin oleh lembaga / pengurus KOMISARIAT
LEMBAGA KOORDINATOR
Pada tingkat daerah (provinsi) Presidium dapat membentuk KOORDINATOR DAERAH sebagai pembantu Presidium.
Pada tingkat Perguruan Tinggi/ Akademi yang memiliki beberapa Komisariat, Dewan Pimpinan Cabang dapat membentuk KOORDINATOR KOMISARIAT sebagai pembantu DPC
LEMBAGA LAINNYA
Untuk mengkoordinir kegiatan tertentu, tiap lembaga pimpinan dapat membentuk lembaga otonom, misalnya, Pecinta Alam, Pusat Pengkajian, dan lain sebagainya. Pembentukan ini sesuai dengan kebutuhan.
LEMBAGA PERMUSYAWARATAN ANGGOTA
Kedaulatan organisasi berada ditangan anggot, dan disalurkan melalui lembaga permusyawaratan anggota. Lembaga Permusyawaratan Anggota juga mengangkat pimpinan organisasi dan menetapkan Garis Kebijakan Organisasi. Lembaga Permusyawaratan Anggota adalah:
Di Tingkat NASIONAL disebut KONGRES GMNI
Di Tingkat KOTA disebut KONFERENSI CABANG GMNI
Di Tingkat KOMISARIAT disebut MUSYAWARAH ANGGOTA